Память его празднуется 5 нояб. в день преставления, в 3-ю Неделю по Пятидесятнице вместе с Собором Новгородских святых и 16 июля вместе с Собором Российских чудотворцев, прославленных свт.Макарием в 1547 и 1549 гг.
Святитель Иона, в миру Иоанн, родился в Новгороде в конце XIV в. Трех лет он потерял мать, а семи — отца. Воспитала его благочестивая вдова Наталья Медоварцева. Хилый от рождения мальчик требовал больших забот, и она относилась к нему с материнской любовью. Учился Иоанн прилежно и успешно, но по слабости здоровья избегал шумных игр своих школьных товарищей.
Раз после вечерни дети играли на улице. Иоанн смотрел на них издали. Вдруг на улице показался неизвестный в городе юродивый в странной одежде (это был прп. Михаил Клопский; память его 11 янв.). Дети бросились смотреть на него, а некоторые начали смеяться и бросать ему под ноги мусор, но блаженный не обратил на них внимания. Он подошел к Иоанну, поднял его выше своей головы и сказал: «Иван, прилежно изучай книги, быть тебе архиепископом в Великом Новгороде!» Он обнял его, поцеловал и удалился.
Когда Иоанн вырос, он поступил в Отнюю пустынь, находившуюся в 50 верстах от Новгорода, в глухих лесах, вдали от жилья человеческого, и там постригся с именем Иона. За свою высокую жизнь он был со временем избран игуменом, и под его мудрым управлением обитель стала процветать.
В 1458 г. после кончины архиепископа Евфимия (память его 11 марта) он был избран его преемником и в следующем же году возведен на архиепископский престол. Так через 50 лет сбылось предсказание прп. Михаила Клопского, который сам почил за 4 года до того.
Ревностно стал новый архипастырь заботиться о духовном просвещении своей паствы. Он приказывал переписывать богослужебные книги и составлять жития святых. В Новгороде он возобновил и украсил Димитриевскую церковь, воздвигнутую в память Донской победы. Но особенно заботился он об Отней обители, в которой полагал начало своему иноческому житию: он строил в ней храмы, снабжал ее книгами и богослужебной утварью, выхлопотал для нее у великого князя Судную грамоту и завещал похоронить себя в ней, причем могилу выкопал для себя сам. Более же всего он пекся о бедных и сиротах, которым покровительствовал в память своего сиротства.
Новгородская паства его, исстари буйная и непокорная, любила его и слушалась. Он умел властным словом своим прекращать распри между новгородцами, и при нем вся земля их пользовалась миром и особым Божиим покровительством. А когда подвластный ему Псков сделал неудачную попытку отделиться от Новгорода и захватил некоторые принадлежащие архиепископскому дому земли, то святитель Иона отнесся к псковичам с любовью и не стал требовать вознаграждения за убытки. Тогда и во Пскове стали почитать его. Чтили его также и все князья русские и литовские, и особенно московские. Между последними и новгородцами, которые никак не могли забыть своих вольностей, часто возникали тяжкие недоразумения, и святитель Иона постоянно был между ними посредником.
В 1460 г. в Новгород должен был приехать вел. князь Василий II Темный. Вдруг святитель узнает, что на жизнь его составлен заговор. Немедленно он является в собрание заговорщиков и сильным словом своим останавливает преступный замысел. И когда вел. князь приехал в Новгород, то его приняли с честью. Часто беседовал вел. князь с благостным архипастырем, которого он любил как отца и охотно слушал его советы.
В это время произошло воскрешение молодого постельничего вел. князя прп. Варлаамом Хутынским (память его 6 нояб.). Но когда вел. князь уехал, до него дошли вести, что новгородцы хотят поддаться Литве, врагу России, и он решил идти на них с войском, чтобы раз навсегда положить конец их мятежным замыслам. Тогда святитель Иона поехал в Москву заступаться за свою буйную паству, причем дал мысленный обет, что в случае успешного исхода дела он воздвигнет в Новгороде храм в честь прп. Сергия Радонежского. Под Москвой встретили его бояре и духовенство, а в самом городе принял его с любовью митрополит Московский Иона. Великокняжеский двор был полон давно собравшихся бояр, а в самом дворце, внизу у лестницы, стояли сыновья вел. князя. Они взяли его под руки и повели к вел. князю, который ждал его с нетерпением и радостью.
Часто беседовали они о делах церковных и гражданских. Раз в присутствии митрополита архиепископ Иона стал особенно горячо заступаться за свой город и просить вел. князя не карать ни в чем не повинных жителей его за небольшую горсть смутьянов. Во время этой беседы он предсказал вел. князю его близкую кончину (+ 1462) и свержение татарского ига при его преемнике. Последнее предсказание особенно обрадовало вел. князя, так как прозорливость новгородского святителя была ему хорошо известна. Он обещал не держать гнева на Новгород, но даровать ему мир. В конце беседы святитель прослезился. «Кто может, — сказал он, — унизить и смирить такой великий и многолюдный город? Только сами граждане своими усобицами. Лишь о том молю Бога, чтобы не было сего во дни мои!»
По возвращении в Новгород святитель Иона воздвиг по обету своему храм в честь прп. Сергия Радонежского и часто посещал его. А в Москве в это же время воздвигли храм в честь прп. Варлаама Хутынского.
В 1461 г. скончался митрополит Московский Иона, в 1462 г. — вел. князь Василий Васильевич Темный. Перед кончиной своей митрополит выразил желание, чтобы святитель Иона Новгородский прибыл для избрания его преемника и погребения его самого. Но новгородский святитель был сам болен и не мог ехать. «Не скорби, — писал он московскому святителю, — что нам нельзя повидаться теперь. Мы свидимся уже в той жизни по отшествии из бренного тела. Радостно будет тогда наше свидание, ибо мы восприимем тогда мзду от Самого Начальника пастырей». Об избрании же преемника митрополиту он писал так: «Кого Дух Святой изберет и благословит, того и я готов буду принять».
В это время Юго-Западная Русь находилась под властью Польши, отделившись от московского престола. Святитель Иона, твердый в церковных канонах, противодействовал этому печальному разделению и поучал паству свою верности московскому престолу.
За несколько лет до кончины святителя Ионы по всей России прошло так называемое Симоновское моровое поветрие. Это была чума. Умерло более 200 тысяч человек. В Зверинам монастыре была устроена скудельница, то есть общая могила. В это время там явился образ св. Симеона Богоприимца, и по бывшему откровению свыше был воздвигнут в честь этого угодника Божия однодневный храм. А когда святитель освятил его, то по совершении им Божественной литургии мор прекратился.
В 1470 г. святитель Иона скончался и был погребен в Отнем монастыре. Случилось так, что в течение 40 дней могилу его не засыпали, а тело его оставалось нетленным, и поэтому ее вовсе не засыпали, но устроили поверх нее возвышение. В XVI в. весь Отний монастырь целиком сгорел. Гроб святителя Ионы успели вынести на монастырскую площадь, и он только один остался невредим. Несшим его он показался необыкновенно легким, а после пожара его еле подняли, так он был тяжел.
В XVI в. два инока Отнего монастыря плыли в лодке в Москву с грамотами к царю. С ними плыл по своим делам купец, имевший при себе казну. Кормчий решил его ограбить и направил лодку на камень. Она перевернулась. Испуганные путники воззвали к святителю Ионе, и никто из них не утонул. Даже монаха, не умевшего плавать, прибило течением к берегу, а на другой день всплыла и сума с совершенно сухими грамотами. Утонул только кормчий.
Атаман одной казацкой разбойничьей шайки был приговорен царем к смерти. Осужденный взмолился святителю Ионе, и царь помиловал его. Настало Смутное время. Шайка этого самого атамана подступила к Отнему монастырю. Но атаман вспомнил, как святитель Иона спас его, и запретил своим казакам грабить монастырь.
• В Отнем (Отенскам) Покровском монастыре свт. Иона принял постриг, после смерти основателя обители игумена Харитона был избран его заместителем, и в этом же монастыре покоятся его святые мощи. Обитель эта находится в 50 верстах от Новгорода, на берегу Большой Вишеры.
• Зверин Покровский монастырь находится в самом Новгороде, название свое получил от места, на котором до устроения обители новгородские князья содержали зверинец. В этой обители находилась чудотворная икона Симеона Богоприимца, прославившаяся избавлением жителей Новгородских и Псковских пределов от страшного морового поветрия в 1467 г.
Кондак святителя Ионы:
Свыше приял еси Божественную благодать/ ходатайствовати Богу и человеком,/ яко архиерей возношение вознося,/ и мир людем твоим снося,/ и обилие плодов, Ионо блаженне,/ ты бо еси Великаго Новаграда похвала// и сущих о нем радость.